زمانی که فرد دچار بیماری های خود ایمنی می شود، سیستم ایمنی بخشی از سلول های خودی را به عنوان دشمن شناسایی کرده و به آن قسمت از بدن حمله می کند. بیش از چهل نوع بیماری خود ایمنی وجود دارد که از جمله آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

• رماتیسم مفصلی: در این بیماری، سیستم ایمنی به مفاصل حمله می کند.
• دیابت نوع اول: سیستم ایمنی به عامل تولید کننده انسولین حمله می کند و مانع تولید این هورمون می گردد. بنابراین گلوکز خون بالا رفته به برخی از اعضا همچون قلب و عروق آسیب می رساند.
• ام اس: در بیماری ام اس، سیستم ایمنی به پوشش اطراف سلول های پوستی حمله کرده و آن را از بین می برد. این امر موجب می شود که سرعت انتقال پیام ها از مغز به سایر اعضای بدن کاهش یابد. بی حسی و ضعیف شدن اعضا و یا عدم تعادل در هنگام راه رفتن از جمله عوارض این بیماری خود ایمنی می باشد.
• آرتریت پسوریاتیک: پسوریازیس از دیگر بیماری های خود ایمنی است که منجر به تکثیر بیش از حد سلول های پوستی می شود.
• واسکولیت خود ایمنی: زمانی که سیستم ایمنی به عروق خونی حمله می کند این بیماری ایجاد می شود. تنگ شدن و انسداد رگ ها از جمله عوارضی هستند که با ابتلا به واسکولیت پدیدار می شوند.
• التهاب تیروئید هاشیموتو: این عارضه منجر به کاهش تولید هورمون تیروئید می شود. ریزش مو، افزایش وزن، حساسیت به سرما از عوارض این بیماری اند.